服务介绍:DNA非常规小片段是构建满足上机测序的非350bp小片段文库(一般构建的文库的片段分布在250bp 300bp 400bp 500bp),并通过高通量测序技术,基于对全基因组测序的小片段文库进行测序获得大量的遗传信息,可用于获得单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)、拷贝数变异(CNV)等遗传多态性数据也可用于进行评估基因组大小、杂合度、GC含量等信息,并为后续的分析奠定数据基础。点击下载“测序服务申请表格”,按需求填写表格并发送至(zhangxinshuang@cibr.ac.cn)。
样本要求:
DNA文库类型 |
样品总量要求(单次建库) |
DNA非常规小片段 |
动植物基因组:m≥0.8μg |
小基因组(叶绿体/线粒体DNA): m≥1.6μg |
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微生物单菌基因组:m≥1.2μg |
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<500bp PCR产物:m≥0.3μg |
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≥500bp PCR产物:m≥1.5μg |
组织类型 |
送样指南 |
组织 |
组织不低于0.5g,液氮速冻 |
细胞 |
细胞量≥2.0×107 |
动物血液 |
哺乳动物≥1.5ml |
唾液 |
≥6ml |
FFPE |
≥15个贴片、卷片,组织≥0.5g |
技术路线:
常见问题
Q:如何选择合适的片段大小?
一般的小片段建库选择350bp就满足分析需求,由于我们采用的时PE150的测序方式,片段偏小的话片段会被测通,造成一些数据浪费,但对于需要overlap的数据的话建议选择片段大小为250bp。
Q:构建不同片段大小的文库对后续的数据分析有影响吗?
如果没有特殊的分析需求的话,一般是没有什么影响的,但片段大小对数据质量会有影响,片段偏小数据会造成数据浪费,偏大数据质量会变差且产出不稳定,一般建议选择350bp左右的片段。
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