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DNA非常规小片段测序

服务介绍:DNA非常规小片段是构建满足上机测序的非350bp小片段文库(一般构建的文库的片段分布在250bp 300bp 400bp 500bp),并通过高通量测序技术,基于对全基因组测序的小片段文库进行测序获得大量的遗传信息,可用于获得单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、结构变异(SV)、拷贝数变异(CNV)等遗传多态性数据也可用于进行评估基因组大小、杂合度、GC含量等信息,并为后续的分析奠定数据基础。点击下载“测序服务申请表格”,按需求填写表格并发送至(zhangxinshuang@cibr.ac.cn)。

 

样本要求:

DNA文库类型

样品总量要求(单次建库)

  DNA非常规小片段 

动植物基因组:m0.8μg

 小基因组(叶绿体/线粒体DNA: m1.6μg  

微生物单菌基因组:m1.2μg

500bp PCR产物:m0.3μg

500bp PCR产物:m1.5μg

 

组织类型

送样指南

组织

组织不低于0.5g,液氮速冻

细胞

细胞量≥2.0×107

动物血液

哺乳动物≥1.5ml

唾液

6ml

FFPE

15个贴片、卷片,组织≥0.5g

 

技术路线:

 


常见问题

 

Q:如何选择合适的片段大小?

一般的小片段建库选择350bp就满足分析需求,由于我们采用的时PE150的测序方式,片段偏小的话片段会被测通,造成一些数据浪费,但对于需要overlap的数据的话建议选择片段大小为250bp

Q:构建不同片段大小的文库对后续的数据分析有影响吗?

 如果没有特殊的分析需求的话,一般是没有什么影响的,但片段大小对数据质量会有影响,片段偏小数据会造成数据浪费,偏大数据质量会变差且产出不稳定,一般建议选择350bp左右的片段。


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